夜间酵素副作用是过敏反应，少部分人进食后，会引起皮疹、瘙痒、出汗、腹痛等不良反应，因此对酵素过敏者应该禁用。糖尿病病人应该慎用。容易引起胃部不舒适的感觉，酵素属于弱酸性的物质。
通常情况下，夜间酵素具有一定的减肥作用。
夜间酵素里含有大量的生物活性酶和多种微量元素，可以在一定程度上加快胃肠的蠕动，促进身体的新陈代谢，排出体内的垃圾，而且还可以帮助身体提高脂肪的分解率，同时可以提高睡眠质量，所以夜间酵素具有一定的减肥作用。但是减肥需要保持营养均衡，多吃营养丰富的食物；适当进行运动，不能长期通过夜间酵素减肥，不利于健康，并且体重容易反弹。
不会产生副作用，可以长期服用，有助于重病或疑难杂症的恢复。但是人体个别的差异性非常大，有些人对综合酵素也会过敏，只是反应程度与频率均很轻微。但这些症状并非由酵素副作用引起，简而言之，就是说酵素作为一种对身体很好的营养品，是没有任何副作用的。
酵素的副作用和危害，主要有以下几点，过敏反应，少部分人进食后，会引起皮疹、瘙痒、出汗、腹痛等不良反应，因此对酵素过敏者应该禁用。目前市场上，很多酵素是自制的，没有标准配方，糖的含量超标，糖尿病患者应该慎用。自制的酵素，很多卫生不到位，生产过程中容易产生病菌。
可以加速人体的代谢和吸收，清理体内所堆积的垃圾，净化体内环境。最大的功效就是清理肠道毒素，通便排毒及净化血液，正常用于身体堆积过多毒素导致的肥胖有很好的效果。便秘、亚健康、生活不规律等都可以服用医食同源夜间酵素，服用该酵素可以增强免疫力、抵抗亚健康、有助于睡眠、改善肠道环境、帮助消化的作用。
