肛周囊肿治疗方法有两种，药物治疗或者手术治疗，一般可以清洗用药看情况的，如果是恢复不好的，那么还是要考虑手术的，不然药物等治疗，效果不一定有多好的，所以只能是先保守治疗看恢复的。
常见的肛周囊肿有这三种，骨盆直肠窝脓肿又称骨盆直肠间隙脓肿，较为少见，但很重要。直肠后间隙脓肿属于肛提肌以上深部脓肿，坐骨直肠窝脓肿。治疗措施：少数肛周脓肿用抗生素，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，手术有两种方式。
肛周囊肿早期主要表现为局部红肿、疼痛，由于脓肿尚未完全形成，波动感不明显。囊肿初期的治疗方法是进行局部坐浴，促进周围囊肿的吸收，同时使用抗菌消炎类药物治疗。如果囊肿形成，需要及时手术切开引流。
肛周囊肿会出现红肿热痛四大症状，可以局部发热，也可以引起全身的发热，温度最高时可达到39度以上，会感到乏力，小便困难，大便困难，排便不尽感，便意明显。平时多注意喝水。
肛周囊肿症状主要表现为疼痛，根据脓肿位置不同，表现也有所不同。盆膈肌下方脓肿位置较浅，疼痛较重且为跳痛，影响行走和下坐。盆膈肌上方脓肿位置较深、疼痛较轻，多为胀痛。排便时疼痛加剧，可伴排尿困难。肛周囊肿症状还表现为寒战、发热、头痛、周身不适、脉速等。
肛周脓肿的特征是肛周持续性剧烈疼痛呈逐渐加重。去肛肠科检查。肛周脓肿一旦发生，只有手术才能完全好，而且是应尽快手术，避免感染蔓延，发生脓毒血症、败血症而危及生命。