只要治疗及时、得法，宝宝一般都能康复。患者可根据病情选择低位锁肛，高位锁肛，或是腹腔镜肛门成形术：通过腹腔镜在微创情况下，建立一条隧道，将直肠在会阴部做吻合。
肛门闭锁是可以治疗的，门闭锁症又称锁肛、无肛门症，该病是常见的先天性消化道畸形，男多于女，常合并其他畸形。患儿出生后无胎粪排出，很快出现呕吐、腹胀等胃肠梗阻症状。
一般是能治好。先天性肛门闭锁症又称锁肛，无肛门症，根据类型选择不同的手术，如腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术，或低位锁肛：常规消毒。不用局麻也可。只要将会阴皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可治愈。术后如患儿腹胀消失，排气排便通畅，六小时后可进食母乳，并保持肛门清洁，每次排便后擦净污粪坐浴。
先天性肛门闭锁是先天性肛门直肠畸形疾病之一，其治疗原则是为了改善术后排便控制功能，避免生命危险。本病的治疗主要是手术，如只有肛膜遮盖者，可行前后纵切口或十字切开，将薄膜剪去，再用食指伸入扩张，如有纤维带者。
一是切开骶尾部和腹部，把直肠盲端拖至会阴做成肛门。二是先在腹部作一个人工肛门等小儿长到1～2岁，再作切开腹部或骶尾部的直肠肛门吻合术。术后要注意孩子的营养，孩子外阴的卫生要保证好的，密切观察。
可采用腹会阴肛门成形术：在会阴部、腹部做切口，将直肠游离，从盆腔至会阴做条隧道，将直肠穿出，与会阴皮肤吻合。或是骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形。腹腔镜下肛门成形术等很多种。