治肛门闭锁的费用大约是1万-3万元。先天性肛门闭锁是先天性肛门直肠畸形疾病之一，治疗费用会随着患者所处的地区和地区经济发展不同，医院收费标准不同，治疗费用也会有所差别的。
对先天性肛门闭锁的治疗，均以手术为主。低位锁肛：常规消毒，不用局麻也可，只要将会阴部皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可以治愈。或肛门直肠狭窄：对肛门直肠狭窄的新生儿，不可采用手术方法。只需每天做持续扩肛即可，一般不会有后遗症。
肛门闭锁手术的费用是1万-3万元。会根据病情选择不同的手术方法，同患者选择的医院的等级也是影响治疗费用的一个关键因素，正规医院会严格执行国家制定的费用标准，而且有医保报销，可减轻患者经济压力。
高位锁肛：切开骶尾部和腹部，把直肠盲端拖至会阴做成肛门。或低位锁肛：常规消毒，不用局麻也可，只要将会阴部皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可以治愈。需要术后不断训练，养成良好的排便习惯。
治疗肛门闭锁的费用是1万-3万元。一般治疗的方法有尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形等，是根据类型选择不同的手术方法。所以费用是不同的。