结核性脑膜炎与病毒性脑膜炎主要是症状上的区别，结核性脑膜炎中期常出现脑实质损害症状，如精神萎靡、淡漠、谵妄或妄想，部分性、全身性癫痫发作或癫痫持续状态，昏睡或意识模糊。病毒性脑膜病炎急性起病、脑膜刺激征出现早，可合并有呼吸道及消化道症状。
病毒性脑膜炎主要症状为发热、头痛、恶心、呕吐、畏光、肌痛、乏力、感觉异常、脑膜刺激征等症状，抑郁症一般是长期压抑或者是过度刺激导致，病毒性脑膜炎有和抑郁症没有关联。
细菌性脑膜炎和病毒性脑膜炎在临床症状上，有的时候比较难以区别，需要借助辅助检查的结果。比如病毒感染，白细胞总数不高，或者白细胞分类以淋巴细胞升高为主；细菌性感染，白细胞总数是升高的，分类以中性粒细胞升高为主。脑脊液的检查是主要的鉴别方法。病毒性脑炎脑脊液里面的细胞数比较少，蛋白定量偏低；细菌性脑炎脑脊液的白细胞数比较高，超过0.01×10^9个/L，这是主要的鉴别手段。
化脓性脑膜炎和结核性脑膜炎两者病因不同，致病菌可通过多种途径入侵脑膜，最常见的通过血流。结核性脑膜炎是结核菌病中最严重的肺以外结核病型，也是小儿结核病致死的主要原因。另外急性细菌性脑膜炎通常急性或爆发性起病，急性期全身症状明显，畏寒发热和全身不适，头痛是突出表现。
这两者都属于中枢神经系统感染，进一步分别，只能依靠脑脊液的检查结果，这是作为诊断的主要参考，细菌性脑膜炎，脑脊液的检查，白细胞明显偏高，病毒性脑膜炎，脑脊液白细胞偏高不是很明显。
如果能够早期诊断，正规治疗，绝大部分都是能够临床治愈的。有一部分未能够做到早期诊断和规范的治疗，预后可能比较差。有可能会出现一些严重的并发症或者后遗症。