阴茎短小根本的原因是遗传基因的影响。另外包皮过长会阻碍阴茎的发育。后天性的阴茎短小，主要是因睾丸萎缩引起，青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用。
阴茎是男性所特有的，而它的生长发育是与多种因素有关，如患者自身的体质、体内的激素水平、不良的生活习惯、生活环境等有关。还有一些器质性疾病，如睾丸萎缩或睾丸生精功能障碍或睾丸产生的雄激素分泌减少，这将导致临床上阴茎发育短暂，治疗方法可以通过阴茎手术来延长它。
有部分男性的阴茎会比正常人要短，在进行性生活时，会引起影响夫妻双方的满意度。可选择手术治疗的方式来扩大阴茎的长度。通过切断阴茎上的短悬韧带和长悬韧带的，来将隐藏在体内的阴茎海绵体分离出来，从而达到延长阴茎的目的。
阴茎的大小跟遗传及体质等因素，如果阴茎勃起后长度超过8厘米，一般不会影响性生活及生育。但如果阴茎勃起长度不足8厘米，且难以进行性生活，建议到男科进行详细的检查，必要时可进行手术延长。
阴茎短小可以通过手术治疗。目前有效的方法是通过阴茎延长手术。手术采用微创技术，手术效果肯定，术后恢复快，平时要注意加强体育锻炼，增强身体素质，也要注意加强营养，保持营养方面均衡，这样才能够促进生长发育。
阴茎短小可以做阴茎延长增粗手术的，可减少压力，但要有手术的适应症。选择正规的医院进行阴茎延长增粗手术，术后效果较好。平时可做增长阴茎运动，每天自我锻炼，一手摁住茎根，一手捏住龟头往上拉，反复多次。
