手术后有可能会发生一些并发症和后遗症，比如呼吸困难，容易引起窒息，这是因为切口内有出血、水肿压迫器官导致的。也可能会出现甲状腺危象，这可能是手术前准备的不充分导致的。
甲状腺次全切除是指切除90%甲状腺体积，保留10%甲状腺腺体的治疗方法。
甲状腺次全切除适用于甲状腺良性肿瘤的手术，如结节性甲状腺肿如腺肿大压迫，外科切除手术。结节性甲状腺肿是良性病变，治疗理念是切除肿瘤，但为了最大限度地保留甲状腺及甲状旁腺功能，选择保留后包膜切除方法切除肿瘤，保留喉返神经及旁丝腺体，对患者术后生活影响较小。甲状腺次全切除手术不适用甲状腺恶性肿瘤。甲状腺恶性肿瘤需要根治性切除，选择方法一般为单侧腺叶切除，或单侧腺叶近全摘、甲状腺全摘，不进行甲状腺次全摘手术。
切除甲状腺手术后遗症有损伤周围神经而引发各种后遗症，如手足搐搦、喉返神经麻痹、声音嘶哑、吞咽困难、永久性缺碘、经常性头痛，颈部手术还留下创伤疤痕，影响外表美观，身体的甲状腺素分泌少，需要补充一些外源性甲状腺素。
甲状腺炎并不一定要做甲状腺外科手术。
如果病人得的是急性化脓性甲状腺炎，用抗生素无法根治的话，就必须进行开刀和引流术，而不像是甲状腺切除，会出现局部的炎症和大出血。同时还要与病人和病人的家人进行全面的交流，否则会对喉返神经造成伤害，从而导致嗓子沙哑。甲状腺炎的临床表现主要取决于甲状腺的种类，甲状腺炎并不是一种病症，它是一种广泛的甲状腺疾病。
甲状腺瘤切除的后遗症通常是喉返神经受损、甲状旁腺受损等。
在切除甲状腺瘤后，最容易出现的后遗症通常是喉返神经和甲状旁腺所受到的意外伤害，这两种情况在甲状腺切除手术后比较容易出现，主要表现是嗓子沙哑或不能说话，还有甲状旁腺功能下降。此外，在接受甲状腺全切和大部切除手术后，可能会留下甲状腺功能减退的后遗症，此时应进行甲状腺激素替代治疗，以维持机体的正常功能。因此，在甲状腺瘤切除后，建议患者定期复诊，完善系统检查，明确自身康复状况。
一般情况下，甲状腺全切除后可能会产生甲状腺功能减退、肢体异常等影响，具体内容如下：
1.甲状腺功能减退：甲状腺全切除后，患者体内甲状腺激素水平可能会出现较为明显的降低，患者可能有畏寒、怕冷、水肿等甲状腺功能减退的症状。患者应遵医嘱吃左旋甲状腺素片来促进体内甲状腺素水平恢复正常，但是，在服用这类药物的过程中，患者可能出现，心慌、胸闷等不适感，患者应遵医嘱调整药物使用方式。
2.肢体异常：如果在进行甲状腺全切时对甲状旁腺的血液供应造成了影响，可能会导致患者在甲状腺全切除后出现低钙抽搐、四肢麻木等肢体异常情况，患者应遵医嘱使用葡萄糖酸钙口服溶液、碳酸钙颗粒等药物进行补钙，以缓解不适症状。
