一般情况下，指甲上很多小坑可能是缺钙、真菌感染等因素造成的，具体内容如下：
1.缺钙：挑食、节食等因素可能导致患者出现缺钙的情况，可能导致患者指甲上很多小坑。患者可以遵医嘱使用葡萄糖酸钙口服溶液等药物进行治疗，也可以吃一些牛奶、红枣等来补钙。
2.真菌感染：真菌感染可能诱发甲癣，可能导致患者甲面方式变化，可能出现指甲上很多小坑的情况。患者应及时就诊，遵医嘱进行抗真菌治疗，以免耽误病情。
指甲上的小坑是一种常见的疾病，也叫甲凹点，在临床上是常见的，比如甲凹点，扁平苔藓甲改变，或者是自身免疫导致的掌跖脓疱病甲损害，也可以是连续性肢端皮炎。可选择如下方式治疗：
1.如果出现严重的手部湿疹、甲周营养不良等情况，也会导致甲营养不良。甲面出现甲凹点，需要结合其他疾病进行甲凹点的诊断，对症治疗。
2.当然还有一种情况，如果没有其他的疾病，身体很好，那么这个生理上的甲凹点也是有可能的，但是这个情况不需要特殊治疗，只需根据病情来用药处理即可。
指甲上有小坑是典型的灰指甲的前期病症，因为灰指甲的致病菌寄生在甲板里和甲床上，从而造成对指甲的侵蚀而形成的小坑症状。可以由用热水泡一下，要等待新指甲长出之后，就会消失。如果状况较重，是需要进行药物治疗。
手指甲上有小坑多考虑有真菌感染，继续发展下去，指甲会出现灰指甲等真菌性甲藓。可以外用药，有脚气的话，早点治疗脚气，避免用手指甲接触有脚气的脚。避免吃辛辣油腻刺激性食物，不要吃海鲜和牛羊肉。
指甲出现凹陷小坑通常是饮食不均衡和缺乏微量元素引起的。需要查一下微量元素和维生素d，注意有没有缺锌贫血和缺维生素。平时注意不要偏食，多吃蔬菜水果。多吃点新鲜的水果蔬菜，不能偏食。
