长期使用菜籽油可能导致胆固醇增高。
菜籽油中含有的芥酸对人体不利，可导致人体肾胆固醇增高，长期摄入会影响生长发育。菜籽油含有的芥酸对心肌的损害与芥酸在体内代谢不全有关。动物摄入大量芥酸后，体内各器官来不及将其完全分解，过多的芥酸便沉积在心肌等处，引起心肌病变。
建议减少菜籽油的摄入，注意营养的均衡搭配，增强体育锻炼，忌烟酒，避免过多的食用生冷油腻辛辣等食物，注意休息。
一般长期食用菜籽油没什么危害，但因为菜籽油味甘、辛、性温，有冠心病、高血压的人应注意少吃。并且油脂有一定的保质期，放置时间太久的油不要食用，高温加热后的油也应避免反复使用。
有些脑类疾病和心脏病的人，尤其是颅脑手术后的人，偏头痛的以及高血压，冠心病，冠脉供血不足或兼有心绞痛着，不要长期吃菜籽油。菜籽油中含有芥酸，大量摄入含芥酸高的菜籽油，可致心肌纤维化引起心肌病变。
菜籽油吃和不吃不能一概而论。
人的身体对菜籽油中的营养吸收率是非常高的。另外菜籽油具有抗衰老和软化人类血管的作用，特别适合一些高胆固醇的人群食用，而且老少皆宜。但是经常的吃菜籽油是非常不好的，因为其中还有名为芥酸和芥子苷的有害物质。芥酸不但不是人体必需的脂肪酸，还在动物实验中表现出一定的有害作用，如损害心肌等，影响个人的身体健康。
建议在日常生活中对菜籽油的食用要有一定的限制，偶尔食用对人体是很好的，但是不能顿顿吃、每天吃，要注意饮食的搭配。
菜籽油一般呈深黄色或棕色。菜籽油中含花生酸0.4-1.0%，油酸14-19%，亚油酸12-24%，芥酸31-55%，亚麻酸1-10%。从营养价值方面看，人体对菜籽油消化吸收率可高达99%，并且有利胆功能。在肝脏处于病理状态下，菜籽同也能被人体正常代谢。不过菜籽油中缺少亚油酸等人体必需脂肪酸，且其中脂肪酸构成不平衡，所以营养价值比一般植物油低。
