巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，对怀孕影响很大，容易造成不孕。
囊肿堵住卵巢，使得卵巢生卵能力减弱，卵子质量会受到很大影响。另外，如果囊肿堵住输卵管，即便能生出卵子，卵子也无法进入子宫，这同样会造成不孕，卵巢囊肿不但易导致不孕，若长期拖延不治，可能会导致恶性病变。目前，对于良性成熟性畸胎瘤、单纯囊肿、上皮性囊肿以及卵巢冠囊肿等良性妇科肿瘤，腹腔镜手术已经成为首选的手术模式。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
会有影响。巧克力囊肿是卵巢子宫内膜异位症，卵巢是子宫内膜异位症比较常见的累及部位。子宫内膜异位症的典型表现就是继发性痛经并且渐进性加重，可以导致不孕症，比较大的囊肿需要手术治疗。
巧克力囊肿是否影响怀孕要根据病情的严重程度。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的常见类型。患巧克力囊肿可能会影响怀孕。患巧克力囊肿会影响到卵巢功能，影响排卵。盆腔以内粘连也常伴随巧克力囊肿往往发生，导致输卵管功能障碍。
若巧克力囊肿较小，痛经不明显，可尝试怀孕，能够正常怀孕的情况下暂时不用治疗巧克力囊肿。若产期不能怀孕且排除了其他导致不孕不育的因素，则不孕可能是巧克力囊肿引起的，建议及时就医，通过药物治疗或手术治疗巧克力囊肿。
伴随有巧克力囊肿，同时怀孕的情况下，怀孕对这种巧克力囊肿有抑制卵巢囊肿增大的趋势的可能性。所以如果想要继续保留这种胚胎，在怀孕期间记住要定期复查B超，来了解卵巢巧克力囊肿的情况。
巧克力囊肿可能会增加不孕的风险。
女性患卵巢子宫内膜异位囊肿时，卵巢会受到一定程度的损伤。此外，巧克力囊肿可反复破裂，囊内部分液体流出，易引起周围组织粘连，如输卵管、卵巢、盆腔腹膜、子宫后壁、肠系膜等。可能会造成一定的粘连，影响输卵管蠕动。所以巧克力囊肿的持续存在，或者巧克力囊肿反复破裂导致粘连等。会容易导致生育能力的下降，严重的话，确实可能导致不孕。