手指甲出现凸凹不平最常见的原因就是维生素或者微量元素的缺乏，有必要到医院进行微量元素的检测，根据微量元素的检查结果有针对性的给予补充，平时需要均衡的饮食，合理的营养，不能有偏食挑食的情况，多吃蛋白质和维生素丰富的食物。其次真菌感染也会导致指甲凸凹不平，如果有灰指甲或者有真菌感染，需要使用抗真菌的药物进行治疗。甲床的先天发育异常，也可能导致指甲凸凹不平。
儿童指甲凹凸不平是营养缺乏，当宝宝存在铁缺乏时会出现反甲，指甲呈勺状，且指甲脆弱，平日有挑食、偏食、肉类食物摄入过少的习惯，如果存在低钙，指甲层竖条纹状，平时户外活动少、体格发育状况差，要及时带宝宝到医院进行微量元素检测。
指甲可以反映人体的营养状况。如果维生素、钙质等营养成分摄入不足，就会出现指甲表面不光滑，凹凸不平，没有光泽的现象。如果指甲凹凸不平，且有沟纹，那么可能要注意肝功能了。
有四种可能，指甲营养不良，甲真菌病，外伤后或者某些皮肤病的甲改变。去医院就诊，先进行全身检查看是否伴有其他部位的皮肤损害，如若没有，进行甲屑真菌检查，排查灰指甲后，考虑甲营养不良可能性大，可以进一步完善微量元素检查，针对性补充微量元素。
如果指甲上出现有很多小坑，凹凸不平，但是没有颜色的改变，没有瘙痒疼痛，应该是缺乏微量元素，由于平常营养不均衡引起的，可能还会出现身体免疫力下降，平常要多吃蔬菜水果，肉类和豆制品。
指甲凹凸不平，如果比较明显，多是由于营养不良或者是缺乏一些微量元素如钙、锌、铁、硫元素等而导致。而真菌感染导致的灰指甲，尤其是从指甲表面的感染，可以出现指甲的凹凸不平。