在临床上常用的治疗方法，有对因治疗、对症治疗以及其他治疗。而对于所有疾病，对因治疗是最有效的治疗方法。所以治疗肾积水，就应该从病因开始治疗。而从肾积水的主要病因来讲，一方面是泌尿系统先天性的结构异常，而另一方面是由于某些泌尿系统疾病所致，例如泌尿系的炎症、结石、肿瘤等因素，再有就是来自泌尿系外伤愈后形成的瘢痕以及盆腔其他器官的肿瘤的压迫等因素。所以基于这些不同的病因，需要采取不同的治疗手段。
主要考虑可能是有肾脏的结石，或者是由肾脏的炎症等导致出现了积水的形成。需要进行尿常规等方面的检查，建议主要就是用一些抗炎的药物，注意休息来帮助进行缓解。平时不要吃太辛辣的食物。
肾积水绝大多数都可以治疗好，特别是积水程度不重。如果积水程度很重，即使手术后肾脏积水只会部分缓解，不可能恢复到与生病前一样的状况。肾积水治疗的主要目的避免肾功能损害，找到引起积水的原因。
孕妇确定了是肾结石肾积水，只能保守治疗。选择损伤小一点的药物。等分娩了再行具体的治疗方法。因为缓解疼痛的药物对胎儿的神经系统损害极大的。所以不能用。如果实在是疼痛难忍，那可以选择针灸或者局部封闭治疗等自然分娩或者到适当的月份进行引产。
肾积水的临床主要症状有结石疼痛、肿瘤血尿、尿道狭窄、排尿困难等。水的侧面在腰部膨大。复杂的感染包括寒战、发烧和脓尿。腰部囊性肿块在患侧。双侧慢性肾功能不全梗阻，尿毒症。腰痛腰囊性肿块。肾体积增大，皮质变薄，实质液暗区。X光静脉尿路造影显示肾积水。
